獨立山以阿里山森林鐵道螺旋狀聞名，近來卻是登山健行的熱門路線。到第一座山洞時，有兩條登山路線，一是從山洞右側往上攀登，由山洞口算起，登到山頂奉天宮是1600個石階，沿途有平坦步道，也有小溪相伴，可享受溪水的清涼；另一條是過山洞後接著過橋，在橋與另一山洞間有一上坡階段，沿階梯直上，沿途均穿梭在樹林之內。到了山上還有奉天宮可泡茶、享受山林美味，讓一身疲憊盡消後，再踏著輕快的步伐下山。奉天宮供奉觀音，原址因開闢阿里山森林鐵道，才遷到現址，奉天宮前搭有涼棚，還免費提供茶杯、茶壺、瓦斯等，不少登山客自備茶葉上山，就可以享受在山上迎著清風、欣賞青山的泡茶樂趣。

獨立山步道可分為兩個不同的路段。從竹崎鄉緞繻村松腳到紅楠坑，這是早期的古道路線。從紅楠坑到獨立山山頂的環狀步道，是1997年林務局開闢的健康步道。若從松腳圓環第一登山口出發，沿石階或緩坡前進，約40分鐘，抵達第一個休息站樟腦寮。再從樟腦寮站出發，沿著鐵路往上山方向走，大約三、四分鐘，可遇2號火車隧道。第二條山道，一般登山客皆先沿鐵路向前走五分鐘過隧道後，由左側的登山口走「獨立山登山步道」上山，這條步道全長約1250公尺，沿途舖設有一千一百多級枕木步道，並可行經熱帶及暖帶林，雖坡度稍大，但安步行來，細賞沿途林相，不覺得太累，全程均為枕木和石階。